В средине 16 века на территории церкви Сен-Эсташ находился гораздо меньший храм Сен-Аньез. Увеличение площади города и населения вынудило настоятелей церкви и городское руководство перестроить здание, сделав его больше. В качестве прототипа для новой церкви был использован Собор Парижской Богоматери. Однако к концу строительства архитектурный стиль сменился и в результате храм стал воплощением готики и ренессанса. Это положительно сказалось на его внешнем виде и существенно выделило среди прочих зданий.