Культовое сооружение, построенное в XVI веке одним из наиболее богатых евреев Праги Мордехаем Майзелем. Изначально это была личная семейная синагога. Спустя столетие страшный пожар уничтожил строение практически полностью и от всех предметов культа, переданных лично основателем, практически ничего не осталось. А вот название Майзелева синагога сохраняется до сих пор. Если изначально сооружение было выполнено в стилистике эпохи Возрождения, то отстроили его после пожара уже в традициях барокко. При этом площадь здания синагоги после реконструкции сократилась вдвое.
В последний раз реконструкцию синагоги Майзеля проводили в XIX веке в стиле популярной тогда неоготики. Реконструкция коснулась как внешнего облика синагоги, так и ее внутренней обстановки.
Во времена оккупации фашистами Чехии, это культовое сооружение превратилось в склад. Оккупанты хотели создать антиеврейский музей, а пока помещали все будущие экспонаты в помещение синагоги Майзеля. Но воплотить идею не успели. Ныне в здании действует Еврейский музей.