Костел построен на месте погребения погибших от чумы. Возвели его на деньги общины Малой Страны – одного из исторических районов нынешней Праги. Изначально костел, посвященный Яну Гусу, был небольшим, а настоящий протестантский костел возник здесь в 1609 году. В 1624 году костел временно перешел во владение кармелитов, а в 1784 году был закреплен за ними навечно. Здесь и сегодня располагается действующий монастырь монахинь-кармелиток, именуемых «босыми». Представляет интерес статуя младенца Иисуса, находящаяся в храме – когда она была найдена монахиней – на младенце была распашонка, а сам он был босым.
Существует легенда, что пражская фигурка младенца Иисуса обладает чудодейственными свойствами и даже исцелила от глухоты и слепоты одну представительницу чешской аристократической семьи.