Императорский склеп находится под церковью Капуцинов и предназначен для погребения членов бывшей австрийской правящей династии Габсбургов. Своё последнее пристанище здесь нашли 149 членов династии Габсбургов, в том числе 12 императоров и 19 императриц и королев. Погребения в склепе проводятся и в наше время: последнее из них произошло 16 июля 2011 года, когда в нём был похоронен последний кронпринц из дома Габсбургов - Отто фон Габсбург. Императорский склеп делится на 9 меньших склепов, а также капеллу, в которой покоится жена Карла I императрица Цита Бурбон-Пармская и один из их сыновей. Сердца Габсбургов было принято размещать в серебряных урнах в склепе сердец при Августинской церкви, а другие их внутренности хоронили в медных урнах в Герцогском склепе под Собором святого Стефана.