В 1408 году в связи с увеличением численности прихожан, архиепископ Утрехтский распорядился построить еще один храм помимо церкви святого Николая. Изначально новому святилищу присвоили имя святых Марии и Екатерины. За всю историю существования церковь трижды побывала в пожаре. По результатам последнего из них ее пришлось перестраивать. Одновременно был изменен архитектурный стиль. В 1645 году храм предстал в готическом стиле, которым можно любоваться сегодня. Долгое время Ньивекерк использовался для коронации правящей семьи и венчания молодых принцев и принцесс. Сегодня же здесь проводятся различные выставки и концерты органной музыки.